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Ces aides directes destinées aux producteurs bio et en conversion sont mises en place dans le cadre des programmes de développement ruraux régionaux (PDRR). Ces programmes s’insèrent dans le second pilier de la politique agricole commune, pilier du développement rural.
Les condition de ces aides et leur mise en œuvre varient selon les régions.
Au sein des programmes de développement ruraux régionaux (PDRR), d’autres aides sont accessibles aux producteurs avec parfois, selon les arbitrages régionaux, un fléchage prioritaire pour les projets en agriculture biologique. Il s’agit des aides aux investissements, aides à l’installation, aides à la certification…
L’État a également mis en place un crédit d’impôt Bio à partir de 2006 pour les producteurs dont le chiffre d’affaire en bio représente au moins 40% du chiffre d’affaire total de l’exploitation. Des règles de cumul avec les aides PAC doivent cependant être respectées.